В соответствии с записями в Книге учета гражданских захоронений - первые захоронения на кладбище были произведены в январе 1939 года жителями близлежащей деревни Пискарёвка. Всего в 1939 году было произведено 64 захоронения.

В годы блокады здесь тоже хоронили. Массовая гибель ленинградцев началась с декабря 1941 года, но до середины января 1942 года еще старались, насколько возможно, придерживаться прежних ритуалов. До тех пор, пока имелись силы, пытались сами довозить гроб до кладбища. С каждым днем делать это становилось все труднее. Люди были истощены, транспорт не работал, дороги не расчищались, жестокие, небывалые морозы стали приметой блокады. Хоронить приходилось на кладбищах, которые находились на окраинах города. В описаниях многих блокадников это был крестный путь – в неизбывном горе, в холоде и голоде, нередко под бомбежками.

Чаще стали хоронить по просьбе родственников другие люди, иногда не состоявшие с покойным в родстве, например, дворники – разумеется, помогавшие за деньги, а позднее за хлеб.

С середины декабря 1941 года многие блокадники перестали хоронить в гробах. Гробы не продавались, делать их самим не хватало сил, как не хватало сил и довезти их до кладбища. Расплачиваться приходилось хлебом и надо было выбирать, что важнее – заботиться о мертвых или беречь живых. Поэтому индивидуальных могил за период блокады на кладбище очень мало. Основные захоронения велись в братские могилы.

Самое большое количество индивидуальных гражданских захоронений было произведено в 1959 году – 523. В Книге учета гражданских захоронений зафиксировано последнее захоронение 14 декабря 1960 года – с этого времени Пискарёвское кладбище становится закрытым для новых захоронений.